על דבר אחד כנראה יסכימו גם תומכיו של יוסי כהן וגם מתנגדיו: ראש מוסד כזה עוד לא היה לנו. בני עקיבא. ישיבת אור עציון. גרעין נח"ל דתי. הראש הראשון שמגיע מאגף 'צומת', אגף ה'יומינט', המודיעין האנושי, הפעלת הסוכנים. מי שכונה 'הדוגמן', אבל מקפיד להיות מקצוען והישגי, קודם כל בתפקיד שהוא רואה בו את עיקר פעילותו: מניעת גרעין מהאיראנים, מבלי להביא לאותה תקיפה ישראלית שקודמיו בתפקיד, מאיר דגן ז"ל ותמיר פרדו, עמלו כדי למנוע.
המבצע הגדול ביותר והמשפיע ביותר שביצע המוסד תחתיו היה הפריצה הגדולה לארכיון הגרעין האיראני לישראל. כהן נחשב לאבא של המבצע הנועז, שאולי ייכתב כסרט הוליוודי בהמשך. נתניהו כזכור חגג את ההישג בפומבי. אפשר להעריך כי הקולות המבקרים את חשיפת המבצע שהרגיזו אותו הכי הרבה היו מתוך המוסד עצמו, לרבות מי שהתמודד נגדו על ראשות הארגון, הפסיד והלך לפוליטיקה, רם בן ברק ("ייפגעו יכולות עתידיות של המוסד"). כהן משוכנע עד היום שהיה הכרח לחשוף לעולם, ולאיראנים, את המבצע בלב טהרן. גם להרתעה, וגם לגרום לטראמפ לצאת מהסכם הגרעין.
הערב שבו מונה כהן לתפקיד השפיע מאוד על כהונתו: על פי פרסומים זרים, כמו שאומרים בז'אנר, נתניהו כבר בחר בנ', המשנה לראש המוסד, שעליו המליץ תמיר פרדו. כשנשאל "האם תהיה נאמן לי", ענה נ': "אהיה נאמן למדינת ישראל". נתניהו בחר ביועצו לביטחון לאומי כהן, מי שנטען כי השקיע לא מעט בלהתחבב על הגברת. נטען נגדו שהתקרב מדי בתקופתו כראש המל"ל לדמויות כמו ג'יימס פאקר ויאיר נתניהו, על שנתן המלצות ביטחוניות למתווה הגז בהזמנת נתניהו, ואולי גם סיוע לבוס בהכשרת רכישת הצוללות.
כשערב אחד פתחה את המהדורות הידיעה על כתב אישום נגד שרה, יצאה פתאום ההודעה מהמוסד על החזרת שעון היד של אלי כהן ז"ל. כשביולי 18' הייתה התפתחות בתיקי נתניהו, לפתע הותר לפרסום שהמוסד סיכל פיגוע איראני בצרפת. את כהן הביקורת על החיבור הזה מטריפה. "תשפטו אותי על פי הישגי המוסד", הוא גורס.
תומכיו מספרים על קדנציה שמאופיינת במוסד התקפי, יוזם, חדשני, עם הרבה שיתופי פעולה, מהאמריקאים ועד (עפ"י פרסומים וגו') ארגוני ביון ערביים. בתקופתו פורסם כי המוסד חיסל בתוניס את מוחמד א־זווארי, מהנדס חמאס; במלזיה הרחוקה את פאדי אל־בטש, איש רכש בכיר בחמאס; ובסוריה את עזיז אסבר, אחראי פרויקט דיוק הטילים לחזבאללה.
האם הוא אכן רוצה ללכת לפוליטיקה, כפי שנאמר לא פעם? רבים משוכנעים שכן. בינתיים הפך כהן תחת נתניהו גם למעין שר חוץ, בעיקר למדינות שאיתן אין לישראל קשרים רשמיים, במפרץ הפרסי ובאפריקה. אגב, מי שימהר לתייג אותו בימין, כדאי שיאזין היטב להופעה נדירה יחסית שלו בפומבי בכנס הרצליה, שבה דיבר על השלום (!) רחמנא ליצלן: "למוסד תפקיד לזהות הזדמנויות לשלום (…) הקמנו יחידה חדשה שתעבוד בדיוק בשביל זה. המוסד מזהה הזדמנות נדירה להגיע להבנה אזורית שתביא להסכם שלום כולל".
